00: 00:05.18 în prima prelegere am încercat să articuleze pentru tine
00:00: 08.02 de ce fosforilarea proteinelor este atât de fundamentală pentru biologie.
00: 00: 11.25 ceea ce aș vrea să fac aici este să aprofundez mai profund structura și funcția protein kinazei.
00: 00: 19.17 și dacă ne uităm la PKA, PKA este, din nou, un prototip kinază pe care o înțelegem cel mai bine.
00: 00:28.18 și este activat prin legarea neurotransmițătorului hormonal la exteriorul unei celule
00:00: 37.00 în acest caz adrenalina. De fiecare dată…adrenalina funcționează la fel ca glucagonul.
00: 00: 40.,25și de fiecare dată când secretați adrenalina în fluxul sanguin
00: 00: 43.21 activați PKA și vă legați de un receptor cuplat cu proteina G.
00: 00:48.11 treceți printr-o subunitate g alfa și vă conectați la adenilat ciclază,
00:00: 53.08 ceea ce duce la generarea AMP ciclic.
00: 00:56.12 și în acest caz, PKA, din nou, este inactiv și este activat când
00:01: 03.22 AMP ciclic se leagă de subunitățile de reglementare și apoi dezlănțuiți activitatea catalitică.
00:01:09.02 și există multe substraturi.
00: 01: 10.10 așa că mă voi concentra aici pe subunitatea catalitică., Cum funcționează asta ca un catalizator?
00: 01:16.03 și data viitoare vom vorbi despre modul în care este păstrat în această stare latentă de către subunitățile de reglementare
00:01: 21.25 și cum este direcționat către anumite site-uri de proteine schele.
00: 01: 25.25 dar, astăzi vreau să mă concentrez pe kinază.
00: 01: 28.07 deci, dacă ne întoarcem la această istorie kinază, am început să găsim…
00: 01: 35.17 există multe multe protein kinaze și acest lucru a venit de la clonarea multe proteine diferite.
00: 01: 41.25 deci ai putea obține foarte repede secvența.
00: 01: 43.,24în loc de a face această secvență pe calea cea grea, prin a face chimic acea secvență.
00: 01: 49.15 și astfel prima secvență de protein kinază a fost PKA. A fost rezolvată de Tatoni în 1981.
00: 02: 00.11 și a servit apoi ca șablon, ca cadru.
00:02: 05.13 am avut…Ți-am spus că Src a fost clonat în 1979, dar nu a fost până când PKA a fost secvențiat
00:02:11.03 că Margaret Dayhoff a dat seama că Src a fost legată de PKA. Cele două secvențe au fost legate.
00: 02: 18.12 deci asta le-a pus pe același copac aici.
00:02:21.02 și apoi în 1991, am făcut prima structură a unei protein kinaze.
00: 02: 25.,10și asta ne-a permis să vedem caracteristicile 3-dimensionale ale acestei familii de enzime.
00: 02: 32.07 deci, permiteți-mi să vă spun tipurile de informații pe care le-am obținut din fiecare dintre aceste constatări.
00: 02: 40.04 deci, aici e kinome. Kinomul se bazează numai pe analiza secvenței.
00: 02: 46.03 și majoritatea genomilor au acum aproximativ 2% din genomul lor codifică protein kinazele.
00: 02: 54.11 și plantele sunt câștigătorii. Ei au 4%. Ei au cele mai multe proteine kinaze.
00: 02: 59.04 deci este una dintre cele mai mari familii de gene din fiecare organisme eucariote.
00: 03: 05.26 dacă ne uităm la secvența., Deci, ce ne spune secvența?
00: 03: 10.07 ne spune asta…aceasta este o descriere chimică a moleculei tale.
00: 03:15.10 puteți vedea cum din acea secvență,
00:03: 18.00 am putea ști imediat că Src clonat este un omolog al PKA.
00: 03: 23.11 și apoi am putea face lucruri chimice; modificare cu un analog ATP, aici lizină modificată 72.
00: 03: 31.08 asta ne-a spus că această lizină era aproape de locul activ, aproape de locul de legare ATP.
00: 03: 36.06 și, de asemenea…mai târziu am arătat că ai putea
00: 03: 40.,25cross-link – l la două reziduuri diferite de acid carboxilic, reziduuri acide.
00: 03:47.07 astfel încât toate aceste trei reziduuri, care sunt departe în secvența liniară,
00:03: 52.00 trebuie să fie aproape împreună și în apropierea locului activ al proteinei pliate.
00: 03:57.07 și apoi cealaltă informație aici este site-ul de fosforilare,
00:04: 02.01 care este esențial pentru activitate și care a fost asociat cu această treonină particulară.
00: 04: 10.02 deci, acestea sunt biți mici de informații am avut.
00: 04:12.09 ai putea lua aceste două kinaze,
00:04: 16.,02odată ce ați știut că Src și PKA au fost legate și alte kinaze au devenit clonate.
00: 04:20.04 constatarea inițială a fost de la Margaret Dayhoff că Src și PKA au fost legate
00:04: 25.10 și au avut multe reziduuri conservate.
00: 04: 28.02 și apoi Tony Hunter…Hanks și Hunter au făcut o analiză a subdomeniilor
00: 04: 35.13 și au elucidat aceste subdomenii diferite, fiecare având un motiv specific.
00: 04: 39.09 și aceste subdomenii au rezistat cu adevărat cu timpul ca definiție a miezului protein kinazei.
00: 04:47.20 dar atunci când am avut structura, acum ai putea începe să înțeleagă
00:04: 52.,15cum aceste motive se pliază împreună pentru a forma o kinază activă.
00: 04:57.09 deci, acum Puteți începe să mapați acea secvență
00:05: 03.22 mai cuprinzător pe un cadru structural.
00: 05: 07.18 deci, aici vom arăta cele două domenii majore care sunt conservate în familia kinazei.
00: 05: 12.17 unul, lobul mic, este în mare parte asociat cu legarea ATP.
00: 05: 16.12 cel Mare are o mulțime de reziduuri asociate cu legarea peptidelor și cataliza.
00: 05: 21.28 acestea sunt reziduurile conservate și puteți vedea că sunt răspândite pe întregul miez de kinază.
00: 05: 27.,02de asemenea, are acest site de fosforilare aici. Acest lucru este esențial pentru activitatea sa.
00: 05: 33.01 și un alt loc de fosforilare aici, la C-terminus, în afara miezului.
00:05:37.18 OK, deci acesta este lobul N și acesta este lobul C.
00: 05: 41.26 OK, deci acum putem avea o înțelegere mai profundă a acestor motive.
00: 05: 48.09 și aceasta este ceea ce știm acum este miezul conservat care este împărtășit de toate acele proteine de pe acel copac kinom.
00: 05: 56.25 toți au acest element comun pentru ei.
00:06:02.09 OK, deci dacă ne uităm la diferite exemple,
00:06:05.,27 v-am arătat PKA, am vorbit mai devreme despre Src aici cu domeniile SH3 și SH2.
00: 06: 13.15 acestea sunt doar câteva alte kinaze. Și puteți vedea PKA este de fapt un fel de neobișnuit
00:06: 19.06 în care are un relativ small…it are cozi mici la fiecare capăt, dar este cea mai mare parte
00:06:26.04 domeniul kinazei și partea sa de reglementare este o subunitate separată-subunitatea de reglementare.
00: 06: 33.00 în timp ce alte kinaze au domenii fuzionate: C1 și C2 atașate la PKC.
00: 06: 37.21 se leagă de calciu și diacil-glicerol.
00: 06: 41.,01cyclic GMP protein kinase, foarte similar cu PKA, numai că domeniile de legare GMP ciclice sunt topite la miezul kinazei.
00: 06: 48.12 deci toate acestea au în comun nucleul kinazei, dar fiecare are aceste variații.
00: 06:54.18 deci, acum, din nou, dacă reveniți la miez,
00:06: 58.23 puteți să mapați aceste subdomenii pe nucleul kinazei.
00: 07: 03.22 așa că vă voi arăta, din nou, cum se corelează acestea acum cu lobul N și lobul C.
00: 07: 10.20 și să vă spun un pic mai mult despre cei doi lobi, de asemenea.
00: 07: 13.,14aici secventa de PKA unde putem cartografia structura secundara;
00: 07: 20.00 o helix versus o componenta beta. Puteți să-l mapați pe acele subdomenii
00:07:24.22 și să aveți un context 3-dimensional pentru aceste subdomenii.
00: 07: 30.12 deci, aici sunt acele subdomenii mapate pe nucleul PKA și codate din nou prin culori.
00: 07: 38.14 deci puteți vedea subdomeniile care cuprind fiecare dintre acești lobi, întregul nucleu conservat.
00: 07:47.06 și, am de gând să te plimbi prin aceste foarte repede
00:07: 50.09 doar pentru a vă arăta câteva informații despre acestea.
00: 07: 54.25 deci, acesta este primul pe., Subdomeniul I este ceea ce numim bucla bogată în gylcine.
00: 08: 00.03 și aici puteți vedea bucla bogată în gylcine aici.
00: 08: 03.21 puteți vedea cele 3 gylcine care sunt conservate în majoritatea kinazelor în partea de sus.
00: 08: 08.21 și caracteristicile pe care le puteți începe să le rezolvați care sunt caracteristicile pe care le face acest motiv.
00: 08:15.01 și apoi urmează subdomeniul II.
00:08: 18.10 iată lizina, acel K. Aceasta este lizina care se modifică prin analogul ATP.
00:08: 24.02 acesta este C-helix. Acesta este doar elementul elicoidal care se află în lobul mic.
00: 08: 32.08 și apoi aveți un alt fir beta.,
00: 08: 37.07 și apoi aveți acest subdomeniu V care leagă de fapt cele două domenii.
00:08: 43.12 această componentă beta este în lobul N și această helix este în lobul C.
00: 08: 49.25 și această bucată mică care le unește este legătura care unește cei doi lobi.
00: 08: 55.09 și apoi e-helix. Acesta este un helix foarte hidrofob.
00: 09: 00.01 și bucla catalitică.
00:09: 02.11 acest lucru va fi esențial pentru cataliză. E o mică foaie beta care e în lobul C.
00: 09: 09.04 și aceasta este o altă parte a acestei foi beta. Aceasta este bucla de activare.
00:09: 15.,14și așa că voi vorbi despre acestea în detaliu.
00: 09: 18.03 acesta este F-helix–foarte, foarte important. Întreaga moleculă este organizată în jurul acestui F-helix.
00: 09: 25.05 este neobișnuit prin faptul că trece chiar prin mijlocul lobului C.
00: 09: 29.20 este foarte hidrofob. Doar analizând – o, ai crede că este o helix care se întinde pe membrană.
00:09: 35.04 extrem de hidrofob.
00: 09: 37.14 și apoi acest g-helix servește ca un loc de andocare pentru proteine și H-helix.
00: 09:42.10 și aici doar pentru a vă arăta un exemplu comparând subdomeniile PKA și Src,
00:09: 48.,10puteți vedea că există mici diferențe, dar, în general, aceste subdomenii sunt conservate.
00: 09: 53.10 pliul este conservat în toate aceste protein kinaze, toate cele 500.
00: 09:58.28 deci, vă voi spune mai întâi despre acești lobi
00:10:02.06 pentru că cred că vă va oferi o înțelegere a modului în care aceste subdomenii lucrează împreună
00:10: 07.02 sinergic pentru a crea o kinază activă.
00: 10:10.00 și deci acesta este lobul N și conține această buclă bogată în glicină
00:10: 15.02 despre care v-am spus. Acestea sunt cele trei Glicine.
00:10:17.,16și apoi C-helix este cealaltă caracteristică cu adevărat conservată aici.
00: 10: 22.09 și puteți vedea lizina 72 și Glu91.
00: 10: 26.03 acestea sunt reziduurile care au fost legate între ele prin studiile noastre chimice.
00: 10:30.14 deci când am văzut prima dată această structură, primul meu lucru a fost să spun,
00:10: 34.07″unde este lizina? Și unde sunt acele reziduuri care se leagă de ea?”
00: 10: 37.19 și a fost…ei au fost în regulă unul lângă altul la fel cum ne-am gândit de la studiile chimice.
00: 10: 43.17 dar nu am putut înțelege modul în care acestea legate între ele până când am văzut că structura.,
00: 10: 49.04 OK, deci bucla de glicină este partea cea mai mobilă a kinazei.
00: 10: 58.18 și trebuie să se deschidă și să se închidă.
00: 11:01.08 și când se închide, se potrivește deasupra fosfatului gamma al ATP
00:11: 05.28 și îl poziționează pentru a fi transferat într-un substrat proteic.
00: 11: 11.08 deci, această deschidere și închidere a buclei glicină este esențială pentru cataliză.
00: 11: 16.01 și acea legătură de hidrogen între bucla de glicină și fosfatul gamma al ATP este critică.
00: 11: 26.22 acum mergem la lobul mare.
00:11:28.,17deci, este în mare parte elicoidal, dar are această foaie beta care se află chiar la fisura activă a site-ului.
00: 11:33.20 și unele dintre aceste reziduuri conservate se află aici în aceste două bucle
00:11: 39.18 și acestea sunt foarte esențiale pentru transferul fosfatului.
00: 11: 42.29 și care se află pe partea de sus a acestui subdomeniu elicoidal foarte stabil.
00: 11: 48.03 lobul N este foarte maleabil. Acest lob este foarte, foarte stabil.
00: 11:53.00 și câteva caracteristici cheie că fosfatul care este important pentru activarea kinazei
00:11: 59.16 este aici, iar când fosforilați acel site, site-ul activ este maxim activ.,
00: 12: 10.10 fără acel fosfat nu este activ.
00:12: 12.09 deci, chiar dacă este 20 angstroms departe de site-ul activ, este esențial să se creeze kinaza activă.
00: 12:18.15 și fără această fosforilare, enzima se desfășoară foarte ușor
00:12: 23.16 și proprietățile sale chimice sunt diferite.
00: 12: 27.02 un fosfat, doar un fosfat.
00: 12: 30.02 aceasta este bucla catalitică. Multe dintre reziduurile catalitice care sunt importante.
00: 12: 34.07 această buclă p+1 este importantă din substraturile peptidelor de andocare.
00: 12: 40.,11deci, dacă ne uităm la o mimică a ceea ce credem că ar putea fi o stare de tranziție pentru transferul fosfatului,
00:12:47.06 aceasta este…fluorura de aluminiu servește ca mimică pentru fosfatul gamma al ATP
00: 12:54.19 și aveți reziduurile din bucla catalitică din lobul C,
00:12: 58.17 reziduurile din bucla bogată în glicină din lobul N.
00: 13: 01.15 ei converg pe acel fosfat gamma și îl transferă pe substratul peptidic.
00: 13: 06.17 deci, chimie foarte frumos de modul în care acestea vin împreună la site-ul activ.
00: 13: 12.05 asa ca hai sa ne uitam, pentru un moment, la cataliza.,
00: 13: 15.03 deci, kinaza trebuie să se deschidă și să se închidă ca parte a ciclului său catalitic.
00: 13: 20.19 deci, atunci când este deschis, este de fapt liniștit maleabil.
00: 13:24.28 apoi, se leagă ATP și substraturile sale peptidice și aici, pentru acel moment tranzitoriu de cataliză,
00:13: 32.05 este într-o conformație închisă.
00: 13:34.08 deci, dacă ne uităm la cum arată acestea în moleculă, aceasta este conformația deschisă din stânga
00:13: 44.20 unde aveți o gaură acolo, acolo ATP va încăpea în acea gaură mare.
00: 13: 48.,19și apoi conformația închisă, puteți vedea cum acea fisură a site-ului activ coboară și se închide.
00: 13: 55.09 și acum, în acest…aceasta vă va oferi o imagine a modului în care această kinază se deschide și se închide.
00: 14: 01.19 și este morphing Statele deschise și închise.
00: 14: 03.24 și eu sunt doar de gând să subliniez, înainte de a vedea filmul, lizina 72 și Glu91.
00: 14: 09.22 acestea au fost două dintre reziduurile care au reticulat.
00:14:11.24 deci, acum Puteți obține un sentiment de modul în care deschiderea și închiderea site-ului activ cleft are loc.
00:14:21.,11și deci aceasta este doar o morfing–conformația deschisă și conformația închisă,
00: 14: 25.25 în esență respirația unei molecule de protein kinază.
00: 14:30.21 OK, deci dacă ne uităm de aproape acum la acea Conformație închisă în care ATP este legat,
00:14: 37.06 puteți vedea că cea mai mare parte a ATP este îngropată în acea gaură adâncă de acolo.
00: 14:40.22 și doar micul fosfat gamma se lipeste la marginea interfeței
00:14: 46.12 între bucla bogată în glicină din lobul N și bucla catalitică din lobul mare.
00: 14: 53.00 și apoi puteți vedea aici cum se potrivește o peptidă în acel site.,
00: 14: 57.01 deci, se fixează în principal pe lobul mare.
00: 15: 00.27 iată reziduul P+1. Este un buzunar frumos, în acest caz, hidrofob
00:15:04.20 unde se află reziduurile hidrofobe.
00: 15: 07.29 acesta este un pseudo-substrat. E o alanină în loc de serină.
00: 15: 11.06 dacă ar fi fost o serină, ar accepta fosfatul și ar transfera fosfatul.
00: 15:16.08 și apoi, PKA îi plac reziduurile de bază și astfel aveți reziduuri acide pe proteină în roșu
00:15: 23.06 care recunosc acei aminoacizi bazici din peptidă.
00:15:26.,09și apoi pentru peptida inhibitor care este legat în…aceasta este o peptidă de legare cu afinitate foarte mare.
00: 15: 35.17 are o helix care se conectează la fisura activă a site-ului și aceasta servește ca un site de legătură.
00: 15: 45.08 așa că v-am spus cum funcționează PKA. Este kinaza pe care o înțelegem cel mai bine în ceea ce privește structura și funcția.
00: 15: 53.10 dar acum avem tot acest copac kinome.
00:15:55.22 și, ce putem învăța acum de la o familie mare?
00: 16: 02.15 avem…deoarece acestea sunt atât de importante pentru boli, avem multe structuri kinazice.
00:16:07.,17kinazele au devenit o țintă majoră pentru descoperirea drogurilor. Deci avem multe kinaze.
00: 16: 12.22 așa că v-am arătat ce putem învăța din analiza aprofundată a unei kinaze.
00: 16:18.13 ce putem învăța din acest kinom structural acum unde aveți
00:16: 22.26 nu numai multe secvențe, dar aveți multe structuri?
00: 16: 26.16 și, putem învăța diferite tipuri de lucruri.
00: 16: 28.28 vă voi spune câteva lecții globale pe care le putem învăța despre întreaga familie.
00: 16:32.10 se poate îngropa adânc într-o singură familie
00:16: 35.,05și aflați care sunt caracteristicile unice ale unei subfamilii față de alta.
00:16:39.27 deci aceasta este doar șase dintre diferitele structuri kinazice, nuclee kinazice.
00: 16: 47.25 și puteți vedea că subdomeniile sunt în mare parte conservate în toate aceste kinaze.
00:16:53.22 ce putem învăța din acest kinom structural?
00:16:59.04 unul dintre lucrurile pe care le-am făcut a fost să dezvoltăm o metodă pe care o numim aliniere spațială locală.
00: 17: 07.01 și acest lucru este doar rapid Compararea oricare două structuri și se uită la reziduurile spațiale similare.
00: 17: 15.09 și acest lucru vă oferă un model.,
00: 17: 18.05 puteți face acest lucru independent de orice aliniere secvență.
00: 17: 20.25 doar două structuri, comparați-le.
00: 17: 23.07 și obțineți cifre de genul acesta care arată relația spațială a reziduurilor în două protein kinaze.
00: 17:34.00 și dacă ne uităm aici puteți vedea câteva reziduuri cheie
00:17: 38.09 că aceste margini indică o legătură spațială între doi aminoacizi.
00: 17: 46.23 și cu cât mai multe margini merg la un anumit aminoacid, cu atât este mai mare scorul de implicare.
00: 17: 52.15 numim asta un scor de implicare.
00:17:54.,24deci, facem o rețea de reziduuri legate de spațiu în două protein kinaze.
00: 18: 01.24 și acest lucru se numește scorul de implicare. Cu cât scorul de implicare este mai mare,
00:18:05.15 cu atât aminoacizii mai legați de spațiu interacționează cu acel aminoacid particular.
00: 18: 12.24 deci folosim acest lucru mai întâi pentru a compara kinazele active și inactive.
00: 18: 20.04 ce este diferit?
00: 18:21.06 puteți găsi diferențe legate de spațiu care sunt unice pentru
00:18: 28.01 kinaza activă și care nu există în kinaza inactivă?
00: 18: 31.06 și din această analiză am definit ceea ce numim coloană vertebrală.,
00: 18:38.06 ulterior am numit-o coloană vertebrală de reglementare
00:18:42.00 este o coloană vertebrală hidrofobă care este conservată spațial în fiecare kinază activă
00:18: 47.12 și este ruptă atunci când kinaza este inactivă.
00: 18: 50.22 și este alcătuit din reziduuri hidrofobe.
00: 18: 53.02 provin din reziduuri necontigue. Deci, unul vine de la beta-4, unul este de la Alfa-C,
00:18:59.16 unul este de la motivul DFG, unul este de la motivul HRD, două sunt în lobul N, două sunt în lobul C.
00: 19: 08.14 și se aliniază pentru a face această coloană hidrofobă.
00:19:12.,00nu veți găsi niciodată acest lucru prin comparații de secvențe
00: 19:15.11 deoarece, prin analiza secvențelor, nu sunt contigue
00:19: 17.26, dar sunt bine definite spațial ca motiv conservat.
00: 19:25.20 așa că ne-am întors și ne-am uitat la toate kinazele
00:19: 29.00 și am constatat că erau de fapt doi spini.
00: 19: 34.03 și așa am găsit o a doua coloană vertebrală, pe care o numim coloana catalitică, pe lângă coloana vertebrală reglatoare.
00: 19: 40.22 și importanța…din nou, reziduurile hidrofobe provin atât din lobul N, cât și din lobul C.
00:19:48.,04lucrul unic despre coloana catalitică este că este inelul adenin al ATP care
00: 19: 52.19 completează coloana vertebrală și leagă cele două.
00: 19: 54.26 deci asta înseamnă că odată ce adăugați ATP, aveți acum o nouă coordonare între lobul N și lobul C.
00: 20: 04.02 deci cealaltă caracteristică care a venit din această analiză este acest F-helix.
00: 20: 08.09 aceasta este o helix foarte hidrofobă care se întinde pe lobul C.
00: 20: 12.06 acest lucru este foarte neobișnuit pentru o proteină globulară ca o kinază.
00: 20: 17.02 dar, este foarte conservat și servește ca cadru…
00: 20: 22.,22este legat atât de coloana vertebrală de reglementare, cât și de coloana catalitică
00: 20: 29.05 și nucleates…it oferă într-adevăr arhitectura pe care asamblați o kinază activă.
00: 20: 36.27 și noi numim acest motiv S2H sau două spini și o helix.
00: 20: 41.19 și aceasta este într-adevăr arhitectura fundamentală pe care o are fiecare protein kinază.
00: 20: 46.21 deci, aici vă arăt doar că F-helix.
00: 20: 49.12 puteți vedea cum merge chiar prin mijlocul acestui lob C.
00: 20: 55.02 nu ați prezice niciodată că aceasta face parte dintr-o proteină globulară prin analiza secvenței.
00: 21: 01.,10și puteți vedea, pe măsură ce acest lucru se rotește în jurul valorii de, relația care f helix la restul proteinei.
00: 21: 13.06 este într-adevăr…totul este nucleat în jurul helixului.
00: 21:16.25 puteți vedea unele dintre reziduurile cheie care apar
00:21: 20.29 care vor fi importante pentru conectarea la cele două spini care ies din acea helix.
00: 21:26.26 acolo puteți vedea cele două spini,
00:21:28.04 cum aceste două spini sunt într-adevăr ancorate într-un mod foarte fundamental la F helix
00:21: 33.10 și bucla catalitică. Toate elementele funcționale sunt într-adevăr legate de acest F helix.,
00: 21:44.12 deci, din nou, puteți vedea aici, când deschideți și închideți kinaza,
00:21: 48.22 aceste conformații…puteți vedea că cele două spini rămân intacte ca parte a acelei mișcări de respirație.
00: 21: 55.10 nu interferează cu mișcarea de respirație a kinazei.
00: 22: 02.03 deci, vă voi da un exemplu aici de…acesta este receptorul insulinei,
00:22:06.15 un alt membru al acelei ramuri a tirozin kinazei.
00: 22:11.03 și aceasta este conformația activă a receptorului de insulină și puteți vedea că
00:22: 15.00 cele două spini sunt intacte., Aceasta este o conformație complet activă a kinazei receptorului de insulină.
00: 22:20.27 când nu este activ (și este activat prin fosforilarea buclei sale de activare aici),
00:22:28.06 când nu este fosforilat pe bucla sa de activare,
00:22: 31.13 atunci puteți vedea coloana vertebrală ruptă.
00: 22: 33.25 și acesta este un mod în care poate fi rupt.
00: 22:37.28 de fapt, un reziduu din coloana vertebrală regulatoare trece și umple buzunarul adeninei
00:22: 43.07 pentru coloana catalitică.
00: 22: 44.10 dar există multe, multe variații ale modului în care puteți rupe coloana vertebrală.
00: 22: 49.,20deci, de ce este atât de important fosfatul?
00: 22: 53.00 am vorbit despre acest fosfat fiind foarte important.
00: 22: 58.08 este important pentru receptorul de insulină. Este important pentru PKA.
00: 23: 02.04 că fosfat pe bucla de activare…
00: 23: 04.22 și vă voi arăta:iată un fosfat în PKA
00:23:08.22 și face șapte interacțiuni diferite de legături electrostatice sau de hidrogen
00:23: 17.10 cu diferite reziduuri de lanț lateral.
00: 23: 20.09 și este un astfel de site de fosforilare de integrare.
00: 23: 24.,19SE duce la această histidină care se află în helixul C, în subdomeniul 3.
00: 23: 30.10 merge la lizina 189, care este de fapt în beta-strand 9.
00: 23: 37.26 merge la arginina 165 care chiar înainte de bucla catalitică.
00: 23: 44.26 și integrează întreaga buclă de activare.
00: 23: 48.24 deci, joacă un rol critic în integrarea tuturor subdomeniilor proteinei.
00: 23:56.18 deci, în această ultimă parte am vrut să mă întorc la kinaze și boală
00:24: 00.07 și din nou, relaționați cu ceea ce v-am spus despre aceste subdomenii și spini.
00: 24: 08.,25sunt probabil mai multe acum, dar cel puțin 30% din kinaze sunt implicate în diferite boli
00:24:13.28 și asta crește tot timpul pe măsură ce ne adâncim mai adânc în diferitele kinaze.
00: 24:20.08 mult mai multe sunt susceptibile de a urma ca vom obține mai multe informații genomice
00:24: 24.21 și corelațiile bolii.
00: 24: 28.10 kinazele sunt tractabile ca ținte de droguri, deoarece le puteți inhiba și
00: 24: 34.00 vă voi arăta că puteți exemplu.
00: 24: 36.01 deci acesta este kinomul uman și vă arăt o kinază în ramura tirozinei de acolo.
00: 24: 42.,28aceasta este Abl, o rudă a Src.
00: 24:46.07 și în această boală fatală leucemie cronică mylogenă
00:24: 51.23 este acest Abl care este modificat. Este fuzionat cu o altă proteină și o face o oncogenă.
00: 24: 56.27 deci, este constitutiv activ. E pornit tot timpul.
00: 24: 59.23 asta face o oncogenă-nu o poți opri.
00: 25: 03.03 deci, acest Gleevec a fost descoperit ca un inhibitor foarte specific al BCR-Abl.
00: 25: 12.07 și aceasta este dovada reală a principiului care spune că kinazele sunt ținte de droguri foarte tractabile.
00: 25: 23.,07dacă ne uităm la ABL cu ATP legat de el, puteți vedea aici cele două spini;
00:25:28.09 coloana vertebrală reglatoare, coloana catalitică. Acest lucru este activ Abl.
00: 25:32.16 și apoi comparați asta acum cu structura în care Gleevec este legat
00:25: 37.17 și acest lucru a fost făcut de laboratorul lui John Kuriyan.
00: 25:42.04 este legat de cleftul site-ului activ, dar puteți vedea când Gleevec se leagă,
00:25:46.22 coloana vertebrală de reglementare este ruptă și deci este de fapt țesut prin
00:25: 52.07 atât coloana catalitică, cât și coloana vertebrală de reglementare.
00: 25:57.10 deci se leagă de o conformație inactivă
00:25: 59.,12și puteți vedea cu exactitate caracteristicile care sunt utilizate de către Gleevec.
00: 26:05.03 deci, unul dintre site-urile care este frecvent asociat cu rezistența la Gleevec
00:26: 11.20 este o mutație a acestui reziduu de treonină în buzunarul de legare ATP aici.
00: 26: 17.10 deci această treonină este uneori denumită gatekeeper.
00: 26: 20.04 și cred că în diapozitivul anterior…aici e reziduul gatekeeper.
00: 26: 25.09 vă arăt unde este reziduul gatekeeper.
00: 26: 27.09 este o treonină. Și astfel mutația care are loc adesea este că este transformată în metionină.,
00: 26: 33.10 deci treonina este un reziduu mic. Metionina este un reziduu mult mai voluminos.
00: 26: 37.24 este atât de voluminos încât va împiedica Gleevec să se lege.
00: 26: 41.15 este o piedică sterică, așa că blochează asta.
00:26:43.19, Dar, ea face mai mult decât că și acest studiu recent realizat de Daley și Kuriyan arată că
00:26:51.07, atunci când aveți metionină acolo în loc de treonină,
00:26:55.08 metionina este un frumos hidrofobe reziduuri și se umple un decalaj între
00:27:01.22 catalitic și de reglementare a coloanei vertebrale și ceea ce face este acum creează un foarte stabil, activ coloanei vertebrale.
00: 27: 08.,06So schimbând acel reziduu, treonina, într-o izoleucină (metionină),
00:27:13.17 nu numai că aboliți legarea lui Gleevec, ci creați și o oncogenă.
00: 27: 19.03 acum ați stabilizat această coloană vertebrală de reglementare într-un mod care nu mai necesită fosforilare.
00: 27: 26.01 deci, acest lucru nu este numai rezistent la Gleevec, această proteină este o oncogenă.
00: 27:35.06 deci, am vorbit despre subdomenii și modul în care acestea sunt conservate în familie
00:27:39.26 și v-am dat o apreciere a modului în care funcționează kinazele
00:27: 42.,24și de ce sunt un maleabil țintă pentru descoperirea de droguri
00:27:46.18 și apoi ceea ce vreau să vorbesc despre data viitoare, cum kinaze reglementa
00:27:51.23 și de a face într-adevăr că nu vom fi atât de interesat în catalitic utilaje,
00:27:56.01-am de gând să fie cu adevărat interesați în suprafețele de kinazei
00:27:59.18 și cum PKA în special se leagă de alte proteine.
00: 28: 04.04