se pueden hacer cruces más complicadas observando dos o más genes. El cuadrado de Punnett funciona, sin embargo, solo si los genes son independientes entre sí, lo que significa que tener un alelo particular del gen «A» no altera la probabilidad de poseer un alelo del gen «B». Esto equivale a afirmar que los genes no están vinculados, por lo que los dos genes no tienden a clasificarse juntos durante la meiosis.
el siguiente ejemplo ilustra un cruce dihíbrido entre dos plantas de guisantes de doble heterocigoto., R representa el alelo dominante para la forma (redondo), mientras que R representa el alelo recesivo (arrugado). A representa el alelo dominante para el color (amarillo), mientras que a representa el alelo recesivo (Verde). Si cada planta tiene el genotipo RrAa, y dado que los alelos para los genes de forma y color son independientes, entonces pueden producir cuatro tipos de gametos con todas las combinaciones posibles: RA, Ra, rA y ra.,
a partir de rasgos dominantes de la máscara de rasgos recesivos (suponiendo que no epistasis), hay nueve combinaciones que tienen un fenotipo amarillo, redondo, tres que son redondos de color verde, tres que son arrugada de color amarillo, y uno que está arrugado de color verde., La proporción 9:3:3:1 es el resultado esperado al cruzar dos padres heterocigotos con genes no. Cualquier otra proporción indica que algo más ha ocurrido (como alelos letales, epistasis, genes vinculados…sucesivamente.;).
método de línea Bifurcadaeditar
el método de línea bifurcada (también conocido como el método de árbol y el sistema de ramificación) también puede resolver cruces dihíbridos y multihíbridos. Un problema se convierte en una serie de cruces monohíbridos, y los resultados se combinan en un árbol. Sin embargo, un árbol produce el mismo resultado que un cuadrado de Punnett en menos tiempo y con más claridad., El siguiente ejemplo evalúa otro cruce de doble heterocigoto usando RrYy x RrYy. Como se indicó anteriormente, se espera que la relación fenotípica sea de 9: 3: 3: 1 si se cruzan genes no vinculados de dos heterocigotos dobles. La razón genotípica se obtuvo en el diagrama de abajo, este diagrama tendrá más ramas que si solo analizara la razón fenotípica.