El líder soviético Leonid Brezhnev advirtió a Dubcek que detuviera sus reformas, pero el líder checoslovaco se sintió animado por su popularidad y desestimó las amenazas veladas. Dubcek se negó a asistir a una reunión especial de las potencias del Pacto de Varsovia en julio, pero el 2 de agosto acordó reunirse con Brézhnev en la ciudad eslovaca de Cierny., Al día siguiente, Representantes de los partidos comunistas europeos se reunieron en la capital eslovaca de Bratislava, y se emitió un comunicado que sugería que se aliviaría la presión sobre Checoslovaquia a cambio de un control más estricto sobre la prensa.

sin embargo, en la noche del 20 de agosto, casi 200.000 tropas soviéticas, alemanas del Este, polacas, húngaras y búlgaras invadieron Checoslovaquia en el mayor despliegue de fuerza militar en Europa desde el final de la Segunda Guerra Mundial., La resistencia armada a la invasión fue insignificante, pero los manifestantes inmediatamente salieron a las calles, derribando los carteles de las calles en un esfuerzo por confundir a los invasores. En Praga, las tropas del Pacto de Varsovia se movieron para tomar el control de las estaciones de radio y televisión. En Radio Praga, los periodistas se negaron a abandonar la estación y unas 20 personas murieron antes de que fuera capturada. Otras estaciones pasaron a la clandestinidad y lograron transmitir durante varios días antes de que se descubrieran sus ubicaciones.

Dubcek and other government leaders were detained and taken to Moscow., Mientras tanto, continuaron las manifestaciones generalizadas en la calle, y más de 100 manifestantes fueron asesinados a tiros por las tropas del Pacto de Varsovia. Muchas naciones extranjeras, incluyendo China, Yugoslavia y Rumania, condenaron la invasión, pero no se tomó ninguna acción internacional importante. Gran parte de la élite intelectual y empresarial de Checoslovaquia huyó en masa hacia el oeste.

El 27 de agosto, Dubcek regresó a Praga y anunció en un emotivo discurso que había aceptado restringir sus reformas., Los comunistas de línea dura asumieron posiciones en su gobierno, y Dubcek se vio obligado gradualmente a despedir a sus ayudantes progresistas. Se aisló cada vez más del público y de su gobierno. Después de que estallaran los disturbios antisoviéticos en abril de 1969, fue destituido como primer secretario y reemplazado por Gustav Husak, un «realista» que estaba dispuesto a trabajar con los soviéticos. Dubcek fue expulsado del Partido Comunista y nombrado inspector forestal con sede en Bratislava.,

en 1989, cuando los gobiernos comunistas colapsaron en toda Europa del Este, Praga se convirtió de nuevo en el escenario de manifestaciones por la reforma democrática. En diciembre de 1989, el Gobierno de Gustav Husak aceptó las demandas de un parlamento multipartidista. Husak renunció, y por primera vez en casi dos décadas Dubcek regresó a la política como presidente del nuevo Parlamento, que posteriormente eligió al dramaturgo y ex disidente Vaclav Havel como presidente de Checoslovaquia. Havel había llegado a la fama durante la primavera de Praga, y después de la represión Soviética sus obras fueron prohibidas y su pasaporte confiscado.,