Il leader sovietico Leonid Breznev avvertì Dubcek di fermare le sue riforme, ma il leader cecoslovacco fu sostenuto dalla sua popolarità e respinse le velate minacce. Dubcek rifiutò di partecipare a una riunione speciale dei poteri del Patto di Varsavia a luglio, ma il 2 agosto accettò di incontrare Breznev nella città slovacca di Cierny., Il giorno dopo, i rappresentanti dei partiti comunisti europei si incontrarono nella capitale slovacca di Bratislava, e fu emesso un comunicato che suggeriva che la pressione sarebbe stata allentata sulla Cecoslovacchia in cambio di un più stretto controllo sulla stampa.

Tuttavia, la notte del 20 agosto, quasi 200.000 truppe sovietiche, tedesche orientali, polacche, ungheresi e bulgare invasero la Cecoslovacchia nel più grande dispiegamento di forze militari in Europa dalla fine della seconda guerra mondiale., La resistenza armata all’invasione era trascurabile, ma i manifestanti sono scesi immediatamente in strada, abbattendo i cartelli stradali nel tentativo di confondere gli invasori. A Praga, le truppe del Patto di Varsavia si trasferirono per prendere il controllo delle stazioni televisive e radiofoniche. A Radio Praga, i giornalisti hanno rifiutato di rinunciare alla stazione e circa 20 persone sono state uccise prima che venisse catturata. Altre stazioni sono andati sottoterra e sono riusciti a trasmettere per diversi giorni prima che le loro posizioni sono stati scoperti.

Dubcek e altri leader del governo sono stati arrestati e portati a Mosca., Nel frattempo, manifestazioni diffuse continuarono per strada e più di 100 manifestanti furono uccisi dalle truppe del Patto di Varsavia. Molte nazioni straniere, tra cui Cina, Iugoslavia e Romania, condannarono l’invasione, ma non fu intrapresa alcuna azione internazionale di rilievo. Gran parte dell’élite intellettuale e imprenditoriale cecoslovacca fuggì in massa verso l’Occidente.

Il 27 agosto, Dubcek tornò a Praga e annunciò in un discorso emotivo che aveva accettato di ridurre le sue riforme., I comunisti di linea dura assunsero posizioni nel suo governo, e Dubcek fu costretto gradualmente a licenziare i suoi aiutanti progressisti. Divenne sempre più isolato sia dal pubblico che dal suo governo. Dopo le rivolte anti-sovietiche scoppiate nell’aprile 1969, fu rimosso come primo segretario e sostituito da Gustav Husak, un “realista” che era disposto a lavorare con i sovietici. Dubcek fu poi espulso dal Partito Comunista e nominato ispettore forestale di Bratislava.,

Nel 1989, quando i governi comunisti crollarono in tutta l’Europa orientale, Praga divenne nuovamente teatro di manifestazioni per la riforma democratica. Nel dicembre 1989, il governo di Gustav Husak acconsentì alle richieste di un parlamento multipartitico. Husak si dimise, e per la prima volta in quasi due decenni Dubcek tornò in politica come presidente del nuovo parlamento, che successivamente elesse il drammaturgo ed ex dissidente Vaclav Havel come presidente della Cecoslovacchia. Havel era diventato famoso durante la Primavera di Praga, e dopo la repressione sovietica le sue opere furono bandite e il suo passaporto confiscato.,