en 1904, la ciudad recibió 50 acres (20 ha) de tierra de William y Anna Vilas bajo las condiciones de que se utilizara «para los usos y propósitos de un parque público y un terreno de recreo». El parque fue nombrado en honor del Hijo de los Vilas, Henry, que murió a una edad temprana a causa de complicaciones relacionadas con la diabetes. La familia estipuló que la entrada al parque siempre fuera gratuita.

en 1911, 28 acres (11 ha) del parque se dividieron en una exhibición de animales, marcando la creación del zoológico., La Madison Zoological and Aquarium Society fue fundada en 1914, y en 1926 se convirtió en la Henry Vilas Park Zoological Society, que continúa hoy en día. En 1964, la sociedad fue incorporada como una corporación sin fines de lucro.

para el centenario del zoológico, la sociedad operó una campaña de Zoo Century para apoyar una reurbanización del zoológico de 2 27 millones durante los próximos 10 años. Hay planes para una nueva exhibición de Arctic Passage y un zoológico infantil rediseñado., El pasaje Ártico, que incluye una gran expansión que incluye un nuevo restaurante, y nuevos recintos para focas y osos pardos y osos polares que regresan, abrió sus puertas el 23 de mayo de 2015.

el zoológico alberga una carrera anual del zoológico con una carrera / caminata de 5K-10K. La carrera comienza y termina en el zoológico, y utiliza partes del arboreto adyacente de la Universidad de Wisconsin–Madison.

El zoológico Henry Vilas es uno de los diez zoológicos libres que quedan en América del Norte., Como Zoológico acreditado AZA (Association of Zoos & Aquariums), su misión es conservar y proteger las maravillas del mundo natural vivo.