Pedreiras em nível de áreas com águas rasas águas subterrâneas ou que estão localizados próximos à superfície da água, muitas vezes têm problemas de engenharia de drenagem. Geralmente a água é removida por bombeamento enquanto a pedreira está operacional, mas para altos influxos abordagens mais complexas podem ser necessárias. Por exemplo, a pedreira de Coquina é escavada a mais de 18 metros abaixo do nível do mar.,

para reduzir o vazamento superficial, um fosso forrado com argila foi construído em torno de toda a pedreira. A água subterrânea que entra no poço é bombeada para o fosso. À medida que uma pedreira se torna mais profunda, as entradas de água geralmente aumentam e também se torna mais caro levantar a água mais alta durante a remoção; isso pode se tornar o fator limitante na profundidade da pedreira. Algumas pedreiras cheias de água são trabalhadas sob a água, por dragagem.

muitas pessoas e municípios consideram as pedreiras como sendo eyesores e exigem vários métodos de redução para resolver problemas com ruído, poeira e aparência., Um dos exemplos mais eficazes e famosos de restauração bem sucedida de pedreiras é Butchart Gardens em Victoria, BC, Canadá.um outro problema é a poluição das estradas por camiões que saem das pedreiras. Para controlar e conter a poluição das estradas públicas, os sistemas de lavagem de rodas estão se tornando mais comuns.artigo principal: Lago de Pedreira muitas pedreiras enchem naturalmente de água após o abandono e tornam-se Lagos. Outros são transformados em aterros.,pedreiras cheias de água podem ser muito profundas, muitas vezes com 15 metros ou mais, e surpreendentemente Frias, por isso nadar em Lagos de pedreiras geralmente não é recomendado. A água inesperadamente fria pode causar um enfraquecimento repentino dos músculos de um nadador; pode também causar choque e até hipotermia. Embora a água da pedreira seja muitas vezes muito clara, pedras de pedreira submersas e equipamentos abandonados tornam o mergulho nestas pedreiras extremamente perigoso. Várias pessoas afogam-se em pedreiras todos os anos. No entanto, muitas pedreiras inactivas são convertidas em locais de natação seguros.,estes lagos, mesmo dentro de pedreiras activas, podem constituir um habitat importante para os animais.