Em junho de 2007, após o gerente do Baltimore Orioles demitido Sam Perlozzo, Girardi entrevistou e foi oferecido o cargo com os Orioles, mas recusou.quando a posição de gestão dos Yankees ficou vaga após a temporada de 2007, os Yankees entrevistaram Girardi, Tony Peña e Don Mattingly., Em 29 de outubro de 2007, Girardi foi relatado para ser a escolha dos Yankees e no dia seguinte ele assinou um contrato de três anos, supostamente no valor de cerca de US $7,5 milhões. Girardi escolheu usar o número 27 para significar o seu desejo de liderar os Yankees para o seu 27º Campeonato Mundial. Girardi é um entusiasta da saúde e doces proibidos, como sorvete e refrigerante no clube.em 2 de agosto de 2008, Girardi participou de seu primeiro dia de Old Timers, o último jogo disputado no Yankee Stadium original., Girardi participou no dia seguinte do Old Timer’s Day em 19 de julho de 2009, o primeiro no novo Yankee Stadium, bem como todos desde então. O primeiro ano de Girardi como gerente do Yankees foi mal sucedido, pois a equipe foi eliminada da disputa pós-temporada pela primeira vez desde 1993, terminando 2008 com um recorde de 89-73, 3º no Al East.

em 2009, seu segundo ano como Gerente, os Yankees foram uma equipe muito melhorada., Ele liderou os Yankees para o seu 40º Campeonato AL e seu 27º título da World Series (derrotando o Philadelphia Phillies), seu primeiro título da World Series como treinador e o primeiro dos Yankees desde 2000.antes da temporada de 2010, Girardi mudou seu número para 28. O recém-adquirido jogador Curtis Granderson tinha usado 28, mas concordou em mudar seu número para 14.Girardi como gerente dos Yankees após a temporada de 2010, Girardi e os Yankees concordaram em um acordo de três anos para mantê-lo como gerente dos Yankees.,

a temporada de 2011 dos Yankees foi atormentada por lesões que causaram listagens deficientes para vários jogadores-chave. Apesar dos contratempos, Girardi conseguiu liderar a equipe para o título AL East. Rob Parker da ESPN elogiou o desempenho de Girardi e sentiu que seus esforços eram merecedores do Gerente da liga americana do ano, mas sentiu que ele não iria receber o prêmio devido à alta folha de pagamento dos Yankees e o que Parker alega ser um preconceito anti-Yankee. Os Yankees foram derrotados pelo Detroit Tigers por 3-2 na rodada de divisão.,

Em 15 de junho de 2012, Girardi ganhou seu 500º jogo como um gerenciador de. Os Yankees chegaram aos playoffs e derrotaram o Baltimore Orioles por 3-2 na ALDS, mas foram varridos pelo Detroit Tigers na ALCS em 18 de outubro de 2012. A temporada de 2013 de Girardi foi marcada por inúmeras contusões e controvérsias, resultando no Yankees terminando 85-77 (empatado em 3º na AL East) e perdendo a pós-temporada pela primeira vez desde 2008.,em 10 de outubro de 2013 Girardi assinou um contrato de quatro anos no valor de US $ 16 milhões para permanecer como gerente do New York Yankees.

em 2014, os Yankees terminaram em 84-78, (2º lugar no Al East) e não se classificaram para a pós-temporada pelo segundo ano consecutivo. Em 2015, O Yankees terminou 87-75, (2º lugar novamente no Al East), conquistando o primeiro lugar do wild card, que marcou a primeira aparição do time nos playoffs desde 2012, mas eles perderam para o Houston Astros no jogo Wild Card da liga americana de 2015. Em 21 de Maio de 2016, Girardi conseguiu seu 1.500º jogo.,= = d9e022b64e = = Joe Girardi apresenta o Presidente Barack Obama com um New York Yankees assinado jersey durante a viagem dos Yankees para a Casa Branca.