El Lago de Nicaragua, a pesar de ser un lago de agua dulce, tiene peces sierra, sábalo y tiburones. Inicialmente, los científicos pensaron que los tiburones en el lago pertenecían a una especie endémica, El Tiburón del Lago de Nicaragua (Carcharhinus nicaraguensis). En 1961, después de comparaciones de especímenes, fue sinonimizado con el tiburón toro (C. leucas), una especie también conocida por ingresar agua dulce en otras partes del mundo., Se había presumido que los tiburones estaban atrapados dentro del lago, pero esto se encontró que era incorrecto a finales de la década de 1960, cuando se descubrió que eran capaces de saltar a lo largo de los rápidos del Río San Juan (que conecta el lago de Nicaragua y el mar Caribe), casi como el salmón. Como evidencia de estos movimientos, los tiburones toro marcados dentro del lago han sido capturados más tarde en el océano abierto (y viceversa), con algunos tomando tan solo 7-11 días para completar el viaje., Numerosas otras especies de peces viven en el lago, incluyendo al menos 16 cíclidos que son endémicos de la región general (ninguno es estrictamente endémico de este lago, aunque Amphilophus labiatus es nativo solo de los lagos de Nicaragua y Managua). Un Cíclido no nativo, una tilapia, se utiliza ampliamente en la acuicultura dentro del lago. Debido a la gran cantidad de desechos que producen, y al riesgo de introducir enfermedades a las que las especies nativas de peces no tienen resistencia, son potencialmente una grave amenaza para el ecosistema del lago.,
los nicaragüenses llaman al lago Cocibolca O Mar Dulce (literalmente «Mar Dulce»; en español, «agua dulce» es agua dulce). Es la mayor fuente de agua dulce. El lago tiene olas considerables impulsadas por los vientos del Este que soplan hacia el oeste hasta el Océano Pacífico. El lago tiene Ometepe y Zapatera, que son ambas islas volcánicas, así como el archipiélago de las Islas Solentiname. El lago tiene una reputación de forma periódica el poderoso, navegable tormentas.
en los últimos 37 años, se ha expresado una considerable preocupación por las condiciones ecológicas del Lago de Nicaragua., En 1981, el Ministerio de Recursos Naturales y Medio Ambiente de Nicaragua (MARENA) realizó un estudio de Evaluación Ambiental y encontró que la mitad de las fuentes de agua muestreadas estaban gravemente contaminadas por aguas residuales. Se encontró que 32 toneladas (70,000 libras) de aguas residuales estaban siendo liberadas diariamente en el lago de Nicaragua. La industria ubicada a lo largo de la orilla del lago había estado vertiendo efluentes durante un período prolongado de tiempo. Pennwalt Chemical Corporation resultó ser el peor contaminador., La situación económica de Nicaragua ha obstaculizado la construcción de instalaciones de tratamiento en todo el país (véase: abastecimiento de agua y saneamiento en Nicaragua).
la peor sequía del país en 32 años (a agosto de 2014) está pasando factura en el lago; el Gobierno de Nicaragua ha recomendado a los ciudadanos cultivar y comer iguanas en lugar de pollos para reducir el consumo de agua. Además, los planes para el canal de Nicaragua a través del lago podrían conducir a agua salada y otras contaminaciones durante la construcción y operación del canal. Según los planos y la geografía, el lago está a 32 metros sobre el nivel del mar.