Il lago Nicaragua, pur essendo un lago d’acqua dolce, ha pesci sega, tarpon e squali. Inizialmente, gli scienziati pensavano che gli squali nel lago appartenessero a una specie endemica, lo squalo del lago Nicaragua (Carcharhinus nicaraguensis). Nel 1961, a seguito di confronti di esemplari, è stato sinonimizzato con il diffuso squalo toro (C. leucas), una specie nota anche per l’ingresso di acqua dolce in altre parti del mondo., Era stato ipotizzato che gli squali erano intrappolati all’interno del lago, ma questo è stato trovato errato alla fine del 1960, quando si scoprì che erano in grado di saltare lungo le rapide del fiume San Juan (che collega il lago Nicaragua e il Mar dei Caraibi), quasi come il salmone. Come prova di questi movimenti, gli squali toro etichettati all’interno del lago sono stati successivamente catturati in mare aperto (e viceversa), con alcuni che impiegano solo 7-11 giorni per completare il viaggio., Numerose altre specie di pesci vivono nel lago, tra cui almeno 16 ciclidi che sono endemici della regione generale (nessuno è strettamente endemico di questo lago, anche se Amphilophus labiatus è originario solo dei laghi Nicaragua e Managua). Un ciclide non nativo, una tilapia, è ampiamente utilizzato in acquacoltura all’interno del lago. A causa della grande quantità di rifiuti che producono e del rischio di introdurre malattie a cui le specie ittiche autoctone non hanno resistenza, rappresentano potenzialmente una seria minaccia per l’ecosistema del lago.,
I nicaraguensi chiamano il Lago Lago Cocibolca o Mar Dulce (letteralmente “Mare dolce”; in spagnolo, “acqua dolce” è agua dulce). È la più grande fonte di acqua dolce della nazione. Il lago ha notevoli onde guidate dai venti orientali che soffiano ad ovest verso l’Oceano Pacifico. Il lago contiene Ometepe e Zapatera, che sono entrambe isole vulcaniche, così come l’arcipelago delle isole Solentiname. Il lago ha la reputazione di tempeste periodicamente potenti e non controllabili.
Negli ultimi 37 anni, è stata espressa una notevole preoccupazione per le condizioni ecologiche del lago Nicaragua., Nel 1981 il Ministero nicaraguense delle Risorse Naturali e dell’Ambiente (MARENA) ha condotto uno studio di valutazione ambientale e ha scoperto che metà delle fonti d’acqua campionate erano gravemente inquinate dalle acque reflue. Si è constatato che 32 tonnellate (70.000 libbre) di liquami grezzi venivano rilasciati nel lago Nicaragua ogni giorno. L’industria situata lungo la riva del lago aveva scaricato gli effluenti per un lungo periodo di tempo. Pennwalt Chemical Corporation è risultato essere il peggior inquinatore., La situazione economica del Nicaragua ha ostacolato la costruzione di impianti di trattamento a livello nazionale (vedi: Approvvigionamento idrico e servizi igienico-sanitari in Nicaragua).
La peggiore siccità del paese in 32 anni (ad agosto 2014) sta prendendo il suo pedaggio sul lago; il governo del Nicaragua ha raccomandato ai cittadini di crescere e mangiare iguane sui polli per ridurre il consumo di acqua. Inoltre, i piani per il canale del Nicaragua attraverso il lago potrebbero portare ad acqua salata e altre contaminazioni durante la costruzione e il funzionamento del canale. Secondo i piani e la geografia, il lago si trova a 32 metri sul livello del mare.