Le Lac Nicaragua, en dépit d’être un lac d’eau douce, a des poissons-scies, tarpon, et les requins. Initialement, les scientifiques pensaient que les requins du lac appartenaient à une espèce endémique, le requin du Lac Nicaragua (Carcharhinus nicaraguensis). En 1961, à la suite de comparaisons de spécimens, il a été placé en synonymie avec le requin-taureau répandu (C. leucas), une espèce également connue pour pénétrer dans l’eau douce ailleurs dans le monde., On avait supposé que les requins étaient piégés dans le lac, mais cela s’est avéré incorrect à la fin des années 1960, lorsqu’on a découvert qu’ils étaient capables de sauter le long des Rapides de la rivière San Juan (qui relie le lac Nicaragua et la mer des Caraïbes), presque comme le saumon. Comme preuve de ces mouvements, des requins taureaux marqués à l’intérieur du Lac ont été capturés plus tard en pleine mer (et vice versa), certains prenant aussi peu que 7-11 jours pour terminer le voyage., De nombreuses autres espèces de poissons vivent dans le lac, y compris au moins 16 cichlidés qui sont endémiques à la région générale (aucun n’est strictement endémique à ce lac, bien Qu’Amphilophus labiatus ne soit originaire que des lacs Nicaragua et Managua). Un cichlidé non indigène, un tilapia, est largement utilisé en aquaculture dans le lac. En raison de la grande quantité de déchets qu’ils produisent et du risque d’introduction de maladies auxquelles les espèces de poissons indigènes n’ont aucune résistance, ils constituent potentiellement une menace sérieuse pour l’écosystème du lac.,
les Nicaraguayens appellent le lac Lago Cocibolca ou Mar Dulce (littéralement « mer douce »; en espagnol, « eau douce » est agua dulce). C’est la plus grande source d’eau douce du pays. Le lac a des vagues importantes entraînées par les vents d’est soufflant vers l’Ouest jusqu’à l’océan Pacifique. Le lac contient Ometepe et Zapatera, qui sont deux îles volcaniques, ainsi que l’Archipel des Îles Solentiname. Le lac est réputé pour ses tempêtes périodiquement puissantes et peu navigables.
au cours des 37 dernières années, des préoccupations considérables ont été exprimées au sujet de l’état écologique du Lac Nicaragua., En 1981, le Ministère nicaraguayen des ressources naturelles et de l’environnement (MARENA) a mené une étude d’évaluation environnementale et a constaté que la moitié des sources d’eau échantillonnées étaient gravement polluées par les eaux usées. Il a été constaté que 32 tonnes (70 000 livres) d’eaux usées brutes étaient rejetées quotidiennement dans le lac Nicaragua. L’industrie située le long de la rive du lac déversait des effluents depuis longtemps. Pennwalt Chemical Corporation s’est avéré être le pire pollueur., La situation économique du Nicaragua a entravé la construction d’installations de traitement à l’échelle nationale (voir: approvisionnement en eau et assainissement au Nicaragua).
la pire sécheresse du pays depuis 32 ans (en août 2014) fait des ravages sur le lac; le gouvernement nicaraguayen a recommandé aux citoyens de cultiver et de manger des iguanes plutôt que des poulets pour réduire la consommation d’eau. En outre, les plans pour le canal du Nicaragua à travers le lac pourraient conduire à l’eau salée et d’autres contaminations pendant la construction et l’exploitation du canal. Selon les plans et la géographie, le lac est à 32 mètres au-dessus du niveau de la mer.