frontières de la génétique

Introduction

des séquences d’États allèles ou « motifs” basés sur des polymorphismes au génome mitochondrial (ADNmt) et dans la partie non recombinante du chromosome Y (NRY) ont été proposées pour retracer les ancêtres juifs. En particulier, Skorecki et coll., (1997) ont d’abord suggéré que la distribution différentielle des haplotypes D’ADN-Y basée sur deux marqueurs, le polymorphisme Y Alu (YAP) et le Y-STR (Short Tandem Repeat) DYS19, pourrait être un proxy de la descendance patrilinéaire des grands prêtres Cohanim. L’haplotype YAP-/DYS19 b a été reconnu comme l’haplotype fondateur possible du sacerdoce Juif. Peu de temps après, Thomas et coll. (1998) ont affiné cette hypothèse sur la base de la variabilité à 6 y-SNP (polymorphismes nucléotidiques simples) et 6 y-STRs., Un haplotype modal a été trouvé dans les chromosomes Y de Cohen avec un groupe d’haplotypes étroitement apparentés, qu’ils appartiennent à des communautés Ashkénazes ou Séfarades, dont la coalescence a été datée à environ l’époque du Royaume de David (il y a 2619-3221 ans). Nebel et coll. (2000, 2001) ont défini L’Haplotype modal de Cohen ou CMH (Tableau 1) comme un haplotype Y-STR à 6 locus appartenant à L’haplogroupe Eu10, c’est-à-dire J1-M267 selon la nomenclature actuelle (arbre D’haplogroupe y-DNA Version 2014: 9.70)., Ce motif a entraîné 2-3 étapes mutationnelles loin des autres haplotypes modaux Eu10 observés dans les groupes arabophones (MH Galilée, MH Bédouin, MH Palestiniens) et un pas loin de l’haplotype modal paraphylétique des Kurdes musulmans appartenant à L’haplogroupe Eu9 (J2-M172 dans la nomenclature actuelle). Dans une étude ultérieure, Thomas et ses collègues ont rapporté des motifs Juifs CMH provenant également d’un ensemble D’haplotypes du Sud-Est Africain (Thomas et al., 2000).

Dans leur étude la plus récente sur la question, Hammer et al., (2009) ont tenté d’approfondir les preuves de l’ADN Y de la descendance biblique des Cohanim d’un seul ancêtre (L’Aaron biblique) en étendant le pouvoir de discrimination des haplotypes y-STR de 6 à 12 locus (eCMH, Tableau 1). Ils ont affirmé que l’origine de la diversité associée aux chromosomes Cohanim J1-P58 pourrait être datée entre 4280 et 2100 ans.

TABLE 1

le Tableau 1. Motifs haplotypes NRY.,

les haplotypes modaux Lévites (LMH et eLMH, Tableau 1) ont plutôt été proposés par Behar et al. (2003) comme haplotypes modaux alternatifs Y-STR dans la variation de L’haplogroupe R1a-M17 des Lévites Ashkénazes, en partie partagés avec les Européens de l’est. Cette découverte a déclenché l’hypothèse de l’origine du Yiddish d’une langue slave (sorabe) et de l’introgression des chromosomes Y Khazars dans la formation initiale des Juifs ashkénazes il y a environ 1000 ans., Cependant, les analyses de reséquençage ont trouvé divers événements fondateurs chez les Lévites Ashkénazes au sein de R1a démontrant qu’un sous-clade particulier, le M582, serait une signature D’origine proche-orientale à l’époque pré-Diaspora (Rootsi et al., 2013).

Thomas et coll. (2002) ont trouvé des signaux d’événements fondateurs beaucoup plus forts dans les lignées spécifiques aux femmes (ADNmt) de différentes communautés juives que dans les lignées spécifiques aux hommes correspondantes., Ils ont trouvé au moins 8 haplotypes modaux (fréquence >10%) dans la région HVS-I de l’ADN mitochondrial dans 8 communautés de Juifs géographiquement séparées, alors qu’aucune différenciation n’a été observée chez les haplotypes D’ADN Y des populations juives et hôtes.

en utilisant une analyse à haute résolution des haplogroupes K et N, Behar et ses collaborateurs ont identifié quatre lignées fondatrices d’ADNmt comme la source matrilinéaire d’environ 40% de la population actuelle des Juifs ashkénazes (Behar et al., 2006)., De telles lignées ont été décrites comme originaires du Moyen-Orient il y a environ 2100 ans « probablement d’un pool d’ADNmt Hébreu/Levantin. »Cependant, L’origine matrilinéaire complexe des Ashkénazes semble avoir été mieux représentée par Costa et al. (2013), qui a révélé que la grande majorité des lignées maternelles Ashkénazes étaient le résultat d’événements de mélange réitérés en Europe. En ce qui concerne les facteurs de confusion démographiques potentiels du scénario ci-dessus, Behar et al. (2004) et Guha et coll., (2012) ont affirmé qu’une forte dérive génétique contribuerait à la fréquence exceptionnellement élevée des allèles de maladies récessives et à une faible diversité d’ADNmt et D’ADN-Y dans les populations Ashkénazes. D’autre part, la littérature récente basée sur des analyses à l’échelle du génome (Atzmon et al., 2010; Behar et coll., 2010; Bray et coll., 2010) a mis en évidence le rôle décisif de l’adjuvant dans la formation du pool D’ADN Juif actuel.

au cours des dernières années, les sociétés de généalogie génétique ont recruté des dizaines de milliers de bénévoles qui ont accepté de partager les résultats de leurs tests génétiques dans des dépôts publics., La plus grande base de données d’ascendance disponible à ce jour est la Family Tree DNA archive (FtDNA), comprenant plus de 506 K enregistrements pour L’ADN-Y et environ 180 K enregistrements pour l’ADNmt divisés en près de 8 K projets, où les participants peuvent partager leur propre profil ADN pour tracer un patrimoine commun par nom de famille, lignée En utilisant cette ressource précieuse, nous avons construit une grande base de données d’ADNmt et de profils D’ADN-Y disponibles à partir de >600 projets D’ADNmt., Nous avons exploré la base de données pour étudier la variabilité associée aux motifs génétiques proposés par la littérature chez des volontaires revendiquant une ascendance juive et chez des groupes non juifs d’origine européenne, africaine ou moyen-orientale.

Nous voulions fournir un contexte expérimental mis à jour pour argumenter les défauts et les pièges que l’on peut rencontrer en utilisant des motifs haplotypiques comme marqueurs diagnostiques de l’ascendance juive.,

matériaux et méthodes

création de bases de données

les haplotypes Y-STR et y-SNP ont été téléchargés à partir du navigateur de chromosomes Y ADN de L’arbre généalogique (https://www.familytreedna.com/projects.aspx). Pour correspondre aux motifs de référence (Behar et al., 2003) avec des directives de nomenclature standard (Gusmão et al., 2006) les états des allèles à DYS439 ont été corrigés en soustrayant 4 répétitions. Les haplotypes HVS-I et les SNP de l’ADNmt ont été téléchargés à partir du navigateur de chromosomes de L’arbre généalogique ADN mt (https://www.familytreedna.com/projects.aspx).,

les enregistrements (https://www.familytreedna.com/projects.aspx) ont d’abord été divisés en projets visant à reconstruire explicitement l’ascendance juive et d’autres projets. Deuxièmement, nous avons filtré à l’intérieur et entre les projets les enregistrements avec des numéros de kit dupliqués et des origines incertaines. Lorsqu’elles ne sont pas disponibles, les associations entre haplotypes et SNP ont été faites par numéro de kit., Enfin, nous avons supprimé les haplotypes qui ne correspondaient pas à un double critère: NRY-haplotypes – à typer à un minimum de 12 loci Y-STR (l’ensemble des motifs « étendus”) et assignés aux haplogroupes par typage SNP direct ou sur des prédictions basées sur des profils STR ≥25 locus; ADNmt-haplotypes-à séquencer au moins pour les sites HVS—I 16,024-16,569 et assignés aux haplogroupes SNPs. Nous avons obtenu une grille finale de 62 920 enregistrements D’ADN-Y et 30 469 enregistrements d’ADNmt. Les bases de données ont été recherchées pour 6 et 12 motifs Y-STR (Juifs et arabes) et pour 4 motifs HVS-I Ashkénazes (tableaux 1, 2).,

TABLE 2

le Tableau 2. motifs d’haplotypes d’ADNmt.

Une limitation du domaine public génétique généalogique les archives est l’auto-affectation des participants sociale/catégories ethniques, comme c’est le cas de l’ascendance Juive. Une autre est la parenté putative entre les participants au sein du même groupe ethnique., Bien que la première limite soit difficile à déterminer et que des sources d’erreur telles que les adoptions et les paternités illégitimes ne puissent être exclues, une analyse préliminaire ne semble affecter que marginalement les statistiques sommaires présentées dans le présent document par rapport à celles des rapports scientifiques précédents. Les dossiers partageant un ancêtre commun étaient 12 sur 3903 connus (0,3%) dans les projets D’ascendance juive et 606 sur 48 006 connus (1,5%) dans les autres projets.,

calcul des taux de Mutation de L’Haplotype

Nous avons utilisé les taux basés sur le pedigree suivants:

Les taux moyens de mutation par haplotype Y ont été obtenus selon la méthode « généalogique” (Klyosov, 2009a; Rozhanskii et Klyosov, 2011) après l’étalonnage des mutations dorsales décrites dans ce document, et à des estimations de « lignée germinale” combinant navascue, 2011, plus Ballantyne et al., 2010).,

dans le premier cas, la pente du tracé d’étalonnage pour les STRs à 12 locus des motifs eCMH et eLMH correspond bien à une valeur de la constante de taux de mutation de 0,00166 mutation par marqueur par génération conditionnelle de 25 ans, soit 0,020 mutations par haplotype tous les 25 ans.

dans ce dernier cas, le nombre de mutations observées sur un total de 126 873 méioses (tableau S1) a donné un taux moyen de 2,113 × 10-3 (± 1,369 × 10-3) mutations par marqueur et par génération, soit 0,025 ± 0,016 mutations par haplotype et par génération., Pour le locus trimérique DYS426, où aucune mutation n’a été observée entre les pedigrees, un taux de régression basé sur un modèle de population logistique a été utilisé (0,458 × 10-3 mut/gen, Burgarella et Navascue, 2011).

en tant que taux de mutation moyens par hvsi-haplotype, nous avons adopté le taux de pedigree groupé dans Howell et al. (2003) basé sur 11 études de la littérature: 1,06 × 10-2 mut/gen en supposant un intervalle de génération de 25 ans. Il est environ sept fois plus élevé que le taux calibré fossile pour le segment 16,051–16,400 suivant Soares et al. (2009): 1.,42 × 10-3 mut/gen en supposant un intervalle de génération de 25 ans.

analyses de réseaux

l’utilisation de réseaux avait un double objectif: de nombreuses étapes intermédiaires de mutation entre haplotypes, éventuellement masquées par des mutations récurrentes ou par un échantillonnage incomplet, auraient pu être récupérées et prises en compte dans des estimations temporelles; la position des motifs haplotypes sur le meilleur arbre donnait un indice de leur phylogénie.,

Les relations mutationnelles entre les motifs du locus Y-DNA 12 et les motifs HVS-I (16 024-16 569 PB) des individus d’ascendance juive autodéclarée ont été visualisées au moyen de l’algorithme de réseau de jointure médiane implémenté dans le logiciel Network 4.612 (http://www.fluxus-engineering.com) selon Zalloua et al. (2008). Lors de la construction des réseaux, la valeur par défaut (10) a été donnée à chaque site HVS-I et un score calculé sur la variance estimée à chaque locus a été adopté pour les données Y-STR (score pour un locus donné = 10 * variance totale sur tous les locus/variance à ce locus donné).,

pour L’ADN-Y, nous avons sélectionné uniquement des haplotypes (N = 142) affectés à la lignée R1a1a1-M417 et ses sous-clades en aval contenant le motif LMH (16-12-25-10-11-13, Tableau 1), et des haplotypes (N = 73) affectés à la lignée J1a2b-P58 et ses sous-clades en aval contenant le motif CMH (14-16-23-10-11-12, tableau 1). Le locus DYS385 n’a pas été utilisé car les allèles ne peuvent pas être correctement assignés à la région dupliquée spécifique, et DYS389II a été traité comme DYS389b = DYS389II – DYS389I., Les temps de Coalescence ont été estimés à partir des réseaux par la statistique rho en utilisant des « pedigrees”- ainsi que des taux basés sur la « généalogie”.

pour l’ADNmt, nous n’avons sélectionné que des haplotypes contenant les trois motifs K (16093c 16224c 16311c 16519c 16524g, motif_K1; 16224c 16234t 16311c 16519c, motif_K2; 16224c 16311c 16519c, motif_K3; Tableau 2). Les temps de Coalescence ont été estimés à partir des réseaux par la statistique rho en utilisant des taux basés sur les « pedigrees”.,

calcul de la probabilité conditionnelle Bayésienne d’attribution

Le théorème de Bayes a été utilisé pour calculer la probabilité conditionnelle d’un individu d’appartenir à la population juive étant donné que ces individus portent un motif « diagnostique” NRY ou ADNmt. Cette probabilité est fonction de la fréquence d’un haplotype donné chez les Juifs et les non-juifs (obtenue à partir des tableaux 3-5) et de la proportion d’individus Juifs (estimée à l’ordre de 13 Millions) dans la population mondiale (7,2 milliards de personnes).

TABLEAU 3

le Tableau 3., Distribution des motifs NRY (typés et prédits sur les y-STRs) et ADNmt dans la base de données publique FTDNA.

résultats

l’analyse des enregistrements de L’Adntf (tableaux 3-5) a confirmé qu’aucun motif génétique transmis le long de la lignée maternelle ou paternelle n’est exclusif des Juifs. Néanmoins, il n’a pas été possible d’étendre cette conclusion à des sous-groupes juifs tels que les Lévites et les Cohanim, car ce statut est rarement auto-déclaré dans les entrées FtDNA., La seule exception est le chromosome Y « Cohen Zadokites Project » qui rejoint les descendants putatifs du neveu D’Aaron Zadok. Là, en effet, nous avons pu vérifier (tableau S2) que les participants appartenaient à un total de 6 haplogroupes différents avec J2, et non J1, comme modal (63%). Aucun haplotype de 12 locus n’a été observé pour être privé aux membres du projet et le J1-eCMH a été résumé à seulement 4 des 59 enregistrements d’origine connue (~8%).,

l’analyse des distributions de l’haplotype Y dans les branches des arbres parentaux a confirmé que, bien qu’il y ait une séparation claire entre la distribution du CMH, de l’eCMH, du LMH et de l’eLMH entre les populations juives et non juives (résultats du chi carré dans le tableau 4), aucun motif n’est diagnostique des haplogroupes monophylétiques lorsque la probabilité conditionnelle d’assignation est estimée à l’aide de la formule de Bayes (Figure 1). Même les motifs D’ADN-Y les plus résolus (eLMH et eCMH) ont été trouvés dans deux ou plusieurs haplogroupes indépendants dont les temps supérieurs de divergence sont estimés il y a au moins 30 K ans., Cela pourrait s’expliquer par une origine aussi profonde et une évolution subséquente sans aucun changement, par les effets secondaires d’une paternité non reconnue, d’une conversion génique ou, très probablement, compte tenu du taux de changement d’haplotype (environ 24 mutations devraient survenir en 30 K ans chez les haplotypes y-STR étendus) et de la fréquence élevée de polyphylétisme, par homoplasie.

TABLEAU 4

le Tableau 4. Distribution des motifs en haplogroupes D’ADN Y (Hg) parmi 5281 Juifs (J) et 57 639 non-juifs (NJ).,

FIGURE 1

la Figure 1. Estimation de la puissance diagnostique d’un ensemble d’haplotypes modaux pour attribuer un échantillon donné à la population juive. Chaque ligne montre la probabilité conditionnelle (formule de Bayes) d’attribuer à la population juive des haplotypes modaux d’ADNmt (A) ou D’ADNmt (B) en fonction de la proportion d’individus Juifs dans l’échantillon. Les points rouges montrent la probabilité postérieure obtenue lors de la saisie de la fraction juive estimée de la population mondiale.,

Il convient de noter que les positions le long des arbres d’eLMH (central, Figure 2a) et d’eCMH (périphérique, Figure 2b) suggèrent que ce dernier n’était peut-être pas présent dans le pool initial de fondateurs, mais simplement le résultat d’une expansion plus récente.

FIGURE 2

la Figure 2. L’un des trois arbres les plus parcimonieux construits par l’algorithme de réseau à jointure médiane., Nous avons utilisé des haplotypes y-STR à 12 locus contenant le motif LMH attribué à la lignée R1a-M417 (A) et le motif CMH attribué à la lignée J1-P58 (B) ainsi que leurs sous-clades en aval chez des individus revendiquant une descendance juive. Les cercles représentent des haplotypes, avec des zones proportionnelles au nombre d’individus qu’ils contiennent.

l’analyse des distributions des haplotypes mitochondriaux chez les Juifs indique que, du moins avec le niveau actuel de résolution SNP, un seul motif (K3) sur quatre a été trouvé dans différents haplogroupes (Tableau 5).,

TABLEAU 5

le Tableau 5. Distribution des quatre motifs D’ADNmt Ashkénazes en haplogroupes (Hg) parmi 2818 Juifs (J) et 27 651 non-juifs (NJ).

D’autre part, les résultats ci-dessus ont souligné une surreprésentation de ces motifs chez les Juifs par rapport aux non-juifs, ainsi qu’une accumulation significative de motifs au sein de certains haplogroupes (tableaux 4, 5)., Les haplotypes Juifs R1A portant le motif Lévite Ashkénaze LMH (Figure 2a) semblent partager la variante CTS6, dont le TMRCA a été estimé entre 1175 ± 341 ans (en utilisant le taux généalogique) et 924 ± 268 ans (en utilisant le taux de lignée germinale). De plus, les haplotypes Juifs J1 présentant le motif de Cohanim CMH (Figure 2b) semblent partager la variante YSC0000234, dont le TMRCA a été estimé entre 1255 ± 441 ans (en utilisant le taux généalogique) et 986 ± 346 ans (en utilisant le taux de lignées germinales)., Les haplotypes Juifs portant les motifs K1, K2 et N sont exclusifs, respectivement, des haplogroupes K1a9, K1a1b1a et N1b (Tableau 2). Les temps de Divergence calculés à partir de la variabilité observée chez ces haplogroupes plus les haplogroupes K2a2a1 ont donné des dates récentes pour l’ancêtre commun de tous les motifs d’ADNmt, avec ceux pour K2 et K3, respectivement, il y a 1370 ± 1241 ans et il y a 1265 ± 639 ans, comparables aux temps déduits pour les ancêtres communs des haplotypes y étendus.,

Discussion

des motifs génétiques constitués d’ensembles de marqueurs haploïdes non recombinants ont longtemps été utilisés pour retracer les origines juives présumées d’individus isolés ou de populations entières. De tels motifs uni-parentaux ont également été proposés pour attribuer l’ascendance dans les études d’association et les études de cas médico-légales.

L’échec de cette pratique est inhérent à la nature de la variation génétique. En tant qu’estimation prudente, nous pouvons nous attendre à une nouvelle mutation toutes les 94 générations (28 substitutions toutes les 2633 transmissions, Howell et al.,, 2003) dans les lignées mitochondriales et environ toutes les trois générations (3 × 10-8 mut / site / gen dans les pedigrees à enracinement profond de plus de 10,15 Mo, Xue et al., 2009) dans les lignées NRY.

par conséquent, dans de tels systèmes génétiques plus le nombre de tapé des marqueurs, moins la probabilité de trouver de l’allèle ensembles qui correspondent exactement à la séquence des ancêtres fondateurs., Plus précisément, une mutation se produirait toutes les 40 à 50 transmissions aux haplotypes y-STR étendus, toutes les 80 à 100 transmissions aux haplotypes y-STR classiques à 6 locus et toutes les 140 à 150 transmissions au segment 16,024-16,569 des haplotypes HVS–I. D’où, après quelques milliers d’années qu’ils peuvent tous avoir muté plus d’une fois.

d’autre part, plus le nombre de marqueurs typés est faible, plus la probabilité d’haplotypes identiques à la suite d’une homoplasie ou d’une ancienne descendance commune est élevée., En d’autres termes, l’adoption d’haplotypes modaux comme marqueurs de certains événements historiques doit tenir compte de la résolution temporelle offerte par le nombre de variantes incluses dans les analyses. Les haplotypes Y définis par des dizaines de variants minimisent le risque d’identité par état (IBS), ou convergence, permettant ainsi une puissance diagnostique élevée au détriment d’une résolution temporelle peu profonde (TMRCA récent). Les Haplotypes définis par 6 ou 12 STRs, tels que les CMH et LMH ou les eCMH et eLMH, permettent une résolution temporelle plus profonde, mais avec une erreur accrue due à des mutations récurrentes., L’adoption de séquences entières d’ADNmt pourrait améliorer la résolution de certaines phylogénies maternelles. Selon les loci de plusieurs Y-STR, cependant, cela affecterait nécessairement le compromis entre le pouvoir de discriminer entre IBD et IBS et la résolution temporelle.

nos résultats sont une démonstration de cet argument: l’utilisation de motifs haplotypiques Non recombinants comme marqueurs diagnostiques de l’ascendance juive s’est avérée fortement trompeuse lorsqu’elle n’est pas étayée par des connaissances dans des régions plus informatives ou des séquences entières., Parmi les motifs précédemment supposés retracer des ancêtres juifs spécifiques, aucun n’a donné lieu à une descendance identique (MII), c’est-à-dire héritée sans modification d’un ancêtre commun. À quelques exceptions près, des motifs, qu’ils proviennent de la NRY ou de l’ADNmt, ont été observés dans au moins deux lignées indépendantes, appartenant parfois à des groupes ethniques ayant des affiliations culturelles ou géographiques différentes., Pour expliquer le modèle polyphylétique de la distribution des haplotypes dans les groupes analysés, nous envisageons, comme explication la plus parcimonieuse, de multiples événements fondateurs et/ou un remaniement des pools génomiques à travers la longue histoire de dispersion et de mélange des communautés juives depuis leur fondation.

à titre d’exemple, la signature « CMH”, dans sa version classique et étendue, a été observée chez de nombreux haplotypes d’habitants de la péninsule Arabique avec des noms Arabes typiques, ainsi que chez de nombreuses personnes juives appartenant aux haplogroupes J1 et J2., La répartition des CMHs par ethnies et haplogroupes suggère que les conversions de gènes, les adoptions et les paternités illégitimes ne pourraient affecter que marginalement les résultats, à moins qu’ils ne soient multiples et se produisent principalement il y a des centaines d’années.

Une explication plus facile est que, entre 7600 et 10 400 ans bp (IC à 95%), L ‘ « haplotype modal de Cohen” était un haplotype ancestral pour les habitants historiques de la péninsule Arabique., Il y a environ 4000 ± 520 ans, la population juive établie portait cet « haplotype modal” avec les futurs Arabes, qui avaient alors un ancêtre commun avec les futurs Juifs (Klyosov, 2010). Vers le Xe siècle après JC, un « CMH récent » légèrement modifié s’est séparé du” CMH plus ancien « (dans des formats d’haplotypes plus étendus), alors que les deux contenaient la signature à 6 marqueurs du” CMH », qui est encore présent dans de nombreux haplotypes Arabes. Ce « CMH récent » est devenu l’haplotype ancestral d’une lignée juive distincte mais récente au sein de L’haplogroupe J1., Si l’on ne considère que les haplotypes « CMH” au sein de cette population, un ancêtre commun qui vivait il y a environ 1255-986 ans peut être identifié.

en se concentrant sur les motifs mitochondriaux, la présence de variants aux sites de mutation rapide tels que 16 311 et 16 519 augmente le potentiel de survenue de mutations récurrentes aux segments HVS-I. Ceci est particulièrement critique au sein de l’haplogroupe K., La monophylie et les Tmrca récents, à savoir les généalogies traçables jusqu « à un seul ancêtre récent, pourraient être invoqués pour les motifs K1, K2, et N, tandis que le mélange et les fondateurs multiples devraient être invoqués pour le motif K3 en l « absence d » une meilleure résolution, en ligne avec le génome complet et les données de re-séquençage.

Un élément d’incertitude supplémentaire est joué par le choix du taux de mutation., L’Haplotype mute en changeant ses allèles de manière imprévisible, et seul un nombre moyen de mutations sur un temps donné peut être prédit avec une certaine probabilité, en fonction des constantes de taux de mutation et de l’âge du groupe d’haplotypes en termes de durée par rapport à leur ancêtre commun.

la question de savoir quelle est la constante de taux de mutation de l’haplotype la plus appropriée à appliquer au traçage des voies historiques des populations humaines a été vivement débattue (voir Soares et al., 2009; Wei et coll., 2013) et la disponibilité récente de données sur le génome entier et le reséquençage ne l’ont pas résolu., Il est largement admis que les comptes de mutation entre haplotypes divergents saturent assez rapidement en raison de mutations récurrentes, en particulier au niveau des marqueurs STR. Il est également implicite que les taux calibrés sur des modèles de ramification infinis et des échelles de temps évolutives gonflent les Tmrca d’haplotypes qui ont divergé dans les temps historiques. C’est le cas du taux proposé par Jivotovsky et al. (2004), qui a été utilisé par Hammer et ses collègues pour soutenir que l’âge de l’eCMHs est compatible avec la fondation de la prêtrise Cohanim (voir critique dans Klyosov, 2009b)., De plus, il est évident que les estimations basées sur la lignée germinale, de père en fils ou sur les pedigrees à enracinement profond sont souvent étayées par de très mauvaises statistiques, les mutations observées à un marqueur étant très peu ou pas du tout.

Pour compliquer l’image est le concept qu’un taux constant n’existe pas dans le monde réel. En soi, le nombre d’années dans la génération est une valeur flottante, elle dépend des habitudes culturelles, des opinions religieuses, de l’âge à la naissance des enfants, de la nutrition, de la santé et d’autres conditions de vie sur un territoire donné à un moment donné., De plus, la probabilité d’apparition d’une nouvelle mutation dépend de la structure de la région génomique où elle se produit et son devenir dépend largement de la taille et de la démographie de la communauté à laquelle elle appartient.

en règle générale, plus la durée d’un ancêtre commun d’un groupe d’haplotypes est longue, moins un motif est « diagnostique” et plus les estimations de temps sont incertaines., Seuls les groupes avec des ancêtres communs récents ont des motifs plutôt prévisibles, comme c’est le cas des Juifs ashkénazes à certains haplogroupes ADNmt et sous-clades Y-R1a élargi au cours des mille dernières années, parce qu’il ne reste pas beaucoup de temps depuis l’ancêtre commun, et son haplotype est encore autour ayant relativement peu de mutations.

Tous les motifs proposés se sont avérés inégalement répartis entre les individus regroupés en fonction de leur ascendance juive et non juive autodéclarée, presque toujours avec un enrichissement significatif chez les Juifs (tableaux 4, 5)., Cependant, la composition hétérogène des haplotypes les contenant a affecté toute tentative de datation correcte de leur origine. Un typage SNP de plus haute résolution et, espérons-le, la disponibilité de séquences complètes, pourrait aider à affiner la phylogénie de ces marqueurs, en fin de Compte clarifier leur rôle et leur temps depuis la Fondation des groupes juifs.,

En conclusion, alors que la distribution observée des sous-clades d’haplotypes aux génomes mitochondriaux et non recombinants du chromosome Y pourrait être compatible avec les événements fondateurs survenus récemment à l’origine de groupes juifs comme Cohénite, Lévite, Ashkénaze, le polyphylétisme substantiel global ainsi que leur apparition systématique dans les groupes non juifs souligne le manque de soutien pour les utiliser soit comme marqueurs D’ascendance juive ou de contes bibliques.,

déclaration de conflit d’intérêts

Les auteurs déclarent que la recherche a été menée en l’absence de toute relation commerciale ou financière pouvant être interprétée comme un conflit d’intérêts potentiel.

Remerciements

Les auteurs tiennent à remercier les examinateurs pour leurs commentaires critiques et Stimulants.

Matériel Supplémentaire

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