Le canelé proviendrait du Couvent des Annonciades, à Bordeaux, au 15e ou au 18e siècle. Le mot moderne » canelé  » provient du Gascon, qui était parlé à Bordeaux et dans une grande partie du sud-ouest de la France jusqu’au 19ème siècle.

à Limoges, il existait un aliment appelé canole, un pain à base de farine et de jaunes d’œufs, qui peut être le même objet que celui vendu à Bordeaux depuis le 18ème siècle sous le nom de canaule, également écrit canaulé ou canaulet., En 1663, des Artisans appelés canauliers qui se spécialisaient dans la confection de ces pains enregistrèrent une Corporation (ou guilde) auprès du Parlement de Bordeaux, qui ne leur permettait que de produire plusieurs aliments spécifiques: pain béni, canaules et Retortillons. Comme ils ne faisaient pas partie de la Corporation De La Pâtisserie (guilde), qui avait le monopole de la cuisson au lait et au sucre ou à la pâte mélangée, il leur était interdit d’utiliser ces ingrédients. Les canauliers contestent les privilèges des pâtissiers et, le 3 mars 1755, le Conseil d’État de Versailles statue pour les canauliers et met fin au monopole des pâtissiers., Un édit de 1767 limite à huit le nombre de magasins canaulier autorisés dans une ville. Il a créé des exigences très strictes pour rejoindre la profession. Néanmoins, en 1785, il y avait au moins 39 magasins canaulier à Bordeaux, dont au moins dix dans le quartier (faubourg) de Saint-Seurin. La Révolution française a aboli toutes les Corporations, mais plus tard, les rouleaux de recensement continuent de montrer des magasins de Canauliers et de boulangers de « pain béni ».

Dans le premier quart du 20e siècle, le canelé est réapparu, même si il est difficile de dater exactement quand., Un pâtissier inconnu a re-popularisé la recette antique des canauliers. Il a ajouté du rhum et de la vanille à sa pâte. Il est probable que sa forme actuelle provienne de la similitude (en français) du mot vague avec le mot « cannelure » (cannelure, ondulation, stries).

le nom Moderne « canelé » est d’origine récente. Le Guide Gourmand de la France ne le mentionne pas. Ce n’est qu’en 1985, après que la popularité de la pâtisserie a commencé à exploser, que la Confrérie du Canelé de Bordeaux a été créée et que le deuxième « n » de son nom a été supprimé., Le nom canelé est devenu une marque collective, déposée auprès de L’Institut national de la propriété industrielle de France par la Confrérie. Dix ans après l’enregistrement de la marque, il y avait au moins 800 fabricants en Aquitaine et 600 en Gironde. En 1992, la Gironde a consommé à elle seule environ 4,5 millions de canelés.