El empalme alternativo es un paso clave en la expresión génica eucariótica que permite la producción de múltiples transcripciones e isoformas de proteínas a partir del mismo gen. A pesar de que el empalme es perturbado en muchas enfermedades, actualmente carecemos de información sobre los mecanismos reguladores que promueven su precisión y eficiencia., Analizamos los datos de mutagénesis de alto rendimiento obtenidos para un exón de empalme alternativo en el proto-oncogén RON y determinamos las unidades funcionales que controlan este evento de empalme. Usando el modelado matemático de distintos mecanismos de empalme, mostramos que el empalme alternativo se basa en RON en un mecanismo llamado «definición de exón». Aquí, el reconocimiento de los exones adyacentes por el spliceosoma es necesario para la eliminación de un intrón., Utilizamos nuestro modelo para analizar las diferencias entre los escenarios de definición de exón e intrón y encontramos que la definición de exón evita la acumulación de productos de retención deletéreos y parcialmente empalmados durante la regulación de empalme alternativa. Además, modulariza el control de empalme, ya que múltiples entradas reguladoras se integran en una entrada neta común, independientemente de la ubicación y la naturaleza de los elementos cis-reguladores correspondientes en el ARN pre-mensajero. Nuestro análisis sugiere que la definición de exón promueve resultados de empalme robustos y confiables en el empalme de RON.